Naast haar werk als architect is Anneke Treffers werkzaam als docent architectuur. Zij is verbonden aan de Hoge School van Amsterdam, faculteit bouwkunde. Zij begeleidt de studenten bij het ontwerpen van zowel gebouwen als stedenbouwkundige plannen.
Daarnaast is zij betrokken bij internationale workshops met de universiteit van Santiago de Chili, Berlijn en Alicante.